Organizacje ekologiczne podkreślają, że istnieje alternatywna droga do kontrowersyjnych planów budowy ekspresowych tras przez Mazury i Biebrzański Park Narodowy. Według nich, w wykonanym na ich zlecenie studium, zaproponowano trasy, które oszczędzają tereny o wysokiej wartości przyrodniczej.
Obecnie spór dotyczy dwóch planowanych odcinków trasy ekspresowej S16. Pierwszy z nich ma przeciąć Mazury, łącząc Olsztyn z Ełkiem, gdzie łączy się z trasą Via Baltica. Drugi ma poprowadzić drogę S16 od strony Białegostoku, aby kompleksowo uzupełnić trasę Via Carpatia. Niestety, oba te fragmenty miałby przebiegać przez obszary o wysokiej wartości przyrodniczej – Wielkie Jeziora Mazurskie i Biebrzański Park Narodowy, co wywołuje protesty ekologów, części mieszkańców i samorządów. Szczególnie istotne jest, że zagrożone byłyby obszary Natura 2000, gdzie chronione są m.in. rzadkie gatunki ptaków.
Przyrodnicy ostrzegają, że uparcie forsowana budowa ekspresówek przez dolinę Biebrzy może skończyć się podobną kontrowersją do tej sprzed 15 lat, kiedy to planowano przecięcie doliny Rospudy przez obwodnicę Augustowa. Wtedy Komisja Europejska zmusiła rząd do poszukania innego korytarza. Teraz organizacje ekologiczne również przekonują, że istnieje alternatywa dla obecnych planów drogowych.
Dowodem na to jest niedawno ukończone studium, które zostało wykonane na zlecenie Fundacji Dla Biebrzy przez firmę JKO Consulting. Eksperci wzięli pod lupę duży obszar północno-wschodniej Polski, analizując osiem różnych wariantów trasy. Ich celem było znalezienie najlepszych korytarzy, biorąc pod uwagę prognozy ruchu drogowego na lata 2040 i 2050. Efektem tych badań są dwa najlepsze alternatywne warianty, które omijają obszary o największej wartości przyrodniczej.
